Народився у м. Рига в 1859 році. У 1881 році вступив на медичний факультет Харківського університету, а потім перевівся на природниче відділення фізико-математичного факультету. У 1886 році закінчив Харківський університет. Був залишений асистентом при кафедрі геології, а після захисту магістерської дисертації у 1890 році відряджений за кордон з науковою метою на два роки. Після повернення був обраний приват-доцентом для читання спеціальних курсів мінералогії та петрографії. У 1898 році Порфирію Петровичу надано ступеня доктора мінералогії та геогнозії. У 1901 році був призначений екстраординарним професором мінералогії, а в 1905 році — ординарним.

У 1918–1920 роках перебував на посаді ректора Харківського університету. У 1920–1922 роках працював у Краснодарі, з 1922 року — в Інституті прикладної мінералогії та петрографії в Москві, з 1926 року — у Геологічному комітеті в Ленінграді, з 1932 року — в Українському геологічному тресті, а з 1938 року — в Інституті геологічних наук АН УРСР. Основні наукові праці Порфирія Петровича П’ятницького присвячені вивченню кристалічних сланців України докембрійського періоду.