Народився в родині спадкових дворян Фінляндії. Отримав домашню початкову освіту, потім навчався в Абоській гімназії, Олександрівському університеті в Гельсінфорсі. У 1866 році закінчив університет, витримав публічний іспит на ступінь ліценціата філософії, був удостоєний ступеня як магістра, так і доктора філософії.

У 1866–1871 роках був лаборантом при хімічній лабораторії Олександрівського університету. З 1871 року почав читати лекції в Харківському університеті на кафедрі хімії (1872 рік — став доцентом, 1873 рік — екстраординарним, 1885 рік — ординарним, 1896 рік — заслуженим професором). Читав курс органічної хімії і нетривалий час — неорганічної. Завідував органічним відділенням хімічної лабораторії.

З серпня 1899 до вересня 1901 року був ректором Харківського університету. Після виходу у відставку (грудень 1902 року) призначений директором Нікітського ботанічного саду. Був гласним міської Думи, працював у кількох комісіях, брав участь у діяльності Харківського товариства грамотності. Герман Іванович Лагермарк був членом Товариства випробувачів природи при Харківському університеті, Хімічного товариства в Берліні, Російського хімічного товариства при Санкт-Петербурзькому університеті.