Народився в Харкові в родині оберофіцера. Закінчив Харківське народне училище (1796–1804 роки), потім Харківський університет (1804–1808 роки) зі ступенем кандидата наук. З серпня 1809 року читав основи математики. У 1810 році став учителем математики та фізики Чернігівської гімназії, проте вже на початку 1811 року радою університету був призначений лектором для викладання студентам початкового курсу фізики.
У 1812 році отримав ступінь магістра і був призначений ад’юнктом на кафедрі фізики, а наступного року, після захисту дисертації, отримав ступінь доктора фізики. З 1818 року став екстраординарним, а з 1821 року — ординарним професором Харківського університету. Читав курси теоретичної хімії та метеорології. Йому належать переклади з німецької мови робіт професора Фердинанда Гізе («Химия всеобщая для учащих и учащихся», «О выгоднейшем способе добывания и очищения селитры»).

Василь Сергійович Комлишинський завідував фізичною лабораторією. У 1822–1828, 1833–1836 роках був деканом відділення фізичних та математичних наук філософського факультету.

У 1836–1837 роках — ректором Харківського університету, членом училищного комітету та Філотехнічного товариства. У 1837–1860 роках працював помічником бібліотекаря бібліотеки Харківського університету. Вийшов у відставку в 1841 році.